Le prime tracce di una presenza protestante a Bassignana possono essere fatte risalire, in età contemporanea, alla seconda metà dell'Ottocento.
Nel 1863 un piccolo ma vivace nucleo di convertiti decise di richiedere alla Chiesa Cristiana Libera l'invio di un pastore o di un evangelista in grado di seguire a tempo pieno quella comunità. La domanda venne prontamente accolta e nel corso dei decenni successivi la chiesa di Bassignana conobbe un periodo di forte crescita ed espansione.
Nel 1875 la comunità fu in grado di acquistare uno stabile in posizione centrale dove venne edificato non solo il tempio ma anche un ampio locale per le scuole diurne.

Con la fine della Chiesa Cristiana Libera, tutte le proprietà di Bassignana vennero acquistate dalla Chiesa metodista episcopale che, a partire dall'anno successivo, inviò in quella località il pastore Risorgi Carrari. Durante la sua permanenza nell'Alessandrino, Carrari potenziò e migliorò le diverse attività ecclesiastiche, svolgendo allo stesso tempo una capillare opera di evangelizzazione in diverse città e paesi: a partire dal 1907, ad esempio, il pastore iniziò a tenere culti regolari e riunioni di preghiera presso diverse famiglie di convertiti residenti a Valenza.

Negli anni della Prima guerra mondiale i locali delle scuole diurne ospitarono una «Casa del Soldato», ideata per fornire conforto, assistenza spirituale e svago ai militari in partenza per il fronte. Pur pesantemente provata dalle conseguenze delle ostilità belliche, nel corso degli anni Venti del Novecento la comunità attraversò un periodo di grande prosperità e crescita. I pastori Giuseppe Chiara (1918-1922), Aurelio Cappello (1923-1924) e Bartolomeo Cassano (1924-1928) intensificarono l'opera delle scuole diurne estendendo inoltre la propria opera a diverse località come Nizza Monferrato, Incisa Scapaccino, Vigliano, Rocchetta Palafea e Calamandrana.

Il periodo della Seconda guerra mondiale rappresentò un momento di forte crisi e stagnazione: rimasta senza un pastore, la chiesa venne temporaneamente unita a quelle di San Marzano Oliveto e Alessandria, venendo visitata saltuariamente dai predicatori locali e dai pastori residenti a Sesti Ponente.

Con la fusione dei due rami del metodismo e la nascita ufficiale della Chiesa Evangelica Metodista d'Italia nel 1946, la comunità di Bassignana affidata prima all'evangelista Giovan Battista Niccolini (1949) e poi al pastore emerito Ugo Bazoli (1949-1951). Gli anni Cinquanta del Novecento rappresentarono un periodo di grandi trasformazioni e cambiamenti per la comunità che nel 1952 venne ufficialmente unita alla chiesa metodista di Alessandria.

Pur numericamente esigua, nel corso degli anni successivi la chiesa si prodigò per valorizzare e far conoscere la propria storia attraverso una serie di iniziative rivolte alla popolazione locale. La comunità che ancora oggi si ritrova negli storici locali di via della Vittoria è seguita dal pastore che si occupa anche delle chiese metodiste di Alessandria e San Marzano Oliveto.